Öğrenciler sadece, Mevlana Değişim Programı öğrencisi oldukları süre zarfında kayıtlarının bulunduğu örgün yükseköğretim kurumlarına ödemekle yükümlü oldukları katkı paylarını ya da öğrenim ücretlerini ödemeye devam ederler. Program çerçevesinde gideceği yükseköğretim kurumuna ayrıca bir eğitim öğretim ücreti ödemezler.