MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ
BİLGİSAYAR MÜHENDİSLİĞİ
Dersin Adı   BİYOİNFORMATİK (SEÇMELİ)
Dönemi Dersin Kodu Teorik Saat / Uygulama Saati AKTS
8 1213861 3 / 0 4
Dersin Düzeyi Lisans
Dersin Dili Türkçe
Dersin Veriliş Biçimi Yüz Yüze
Dersin Koordinatörü Doç.Dr. Halife Kodaz
Koordinator E-mail hkodaz selcuk.edu.tr
Öğretim Elemanı
Doç.Dr. Halife Kodaz
Yardımcı Öğretim Elemanları
Görevlendirilen Arş.Gör.
Dersin Amacı Bu ders kapsamında, biyolojik veritabanlarının ve bazı biyoinformatik araç ve yaklaşımların DNA-RNA ve protein arasındaki bilgi akışının daha iyi anlaşılabilmesi amacıyla araştırılması ve tartışılması amaçlanmaktadır. Ek olarak, dizilerin karşılaştırılması, filogenetik ağaç kurulumu, türler arasındaki uzaklığın hesaplanması, mikroarray verilerinin değerlendirilmesi, genomik, proteomik ve formakogenetik yaklaşımlar bu dersin kapsamındadır.
Temel Bilimler Mühendislik Bilimleri Sosyal Bilimler Eğitim Bilimleri Sanat Bilimleri Sağlık Bilimleri Tarım Bilimleri
30 40 0 0 0 30 0
DERS YÖNTEM VE TEKNİKLERİ
Yüz yüze anlatım, örnek uygulamaların analizleri ve karşılaştırılması, ödev ve projeler.
HAFTA DERS İÇERİĞİ KAYNAK
1 Biyoinformatiğe giriş-1 Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
2 Biyoinformatiğe giriş-2 Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
3 İki DNA/protein dizisinin karşılaştırılması: alignment-1 Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
4 İki DNA/protein dizisinin karşılaştırılması: alignment-2 Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
5 BLAST-1 Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
6 BLAST-2 Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
7 Çoklu dizi analizi-karşılaştırması Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
8 ARA SINAV
9 İleri veritabanı arama ve tarama Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
10 WORKBENCH Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
11 Moleküler filogeni ve evrim Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
12 RNA için biyoinformatik yöntemler Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
13 Mikroarray veri analizi, protein yapısı Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
14 Genomik ve proteomik uygulamaları Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
15 Formakogenetik uygulamaları Basic Bioinformatics (S. Ignacimuthu), Bioinformatics:Principles,Basic Internet Applications (Hassan A. Sadek)
DEĞERLENDİRME SİSTEMİ   Ara Sınav Final
  Sayı Katkı Payı Sayı Katkı Payı  
Yarıyıl İçi Çalışmaları : - -
Devam/Katılım : - -
Uygulamalı Sınav : - -
Derse Özgü Staj : - -
Küçük Sınav : - -
Ödev : 3 15
Sunum ve Seminer : 1 5
Projeler : 1 10
Atölye/Laboratuvar Uygulamaları : - -
Vaka Çalışmaları : - -
Arazi Çalışmaları : - -
Klinik Çalışmaları : - -
Diğer Çalışmaları : - -
Ara Sınav   1 30
Final   1 40
AKTS İŞ YÜKÜ TABLOSU   Sayı Süre
Ders Süresi : 14 3
Sınav Dışı Ders Çalışma Süresi : - -
Sunum ve Seminer Hazırlama : 1 5
Derse Özgü Staj : - -
Atölye/Laboratuvar Uygulamaları : - -
Arazi Çalışmaları : - -
Vaka Çalışmaları : - -
Projeler : 1 12
Ödev : 3 12
Küçük Sınavlar : - -
Ara Sınav : 1 10
Final : 1 15
DERSİN AKTS KREDİSİ 4
No DERS ÖĞRENİM ÇIKTISI KATKISI (*)
D.Ö.Ç. 1 Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler: 1. Biyolojik veri tabanlarının temellerinin anlama ve moleküler biyoloji ve genetik kapsamında kullanılabilme 3
D.Ö.Ç. 2 2. İki veya daha fazla dizi için karşılaştırma araçlarının tanımlanabilmesi ve benzerlik/uyumsuzluk durumunun tartışılabilmesi 3
D.Ö.Ç. 3 3. Verilen diziler için filogenetik ağaç oluşturabilme ve türler arasındaki uzaklığı tartışabilme 3
D.Ö.Ç. 4 4. Protein-RNA ve DNA arasındaki bilgi akışını anlayabilme ve büyük ölçekli biyolojik verilerin çeşitli biyoinformatik temelli araçlar kullanarak analiz edebilme 3
D.Ö.Ç. 5 5. Biyoinformatik araçları kullanarak genomik, proteomik ve farmakogenetik yaklaşımın tartışılabilme yetesine sahip olacaktır. 3
* 1: Zayıf - 2: Orta - 3: İyi - 4: Çok İyi
PROGRAM ÇIKTISI VE DERS ÖĞRENİM ÇIKTISI İLİŞKİ MATRİSİ

DÖÇ1DÖÇ2DÖÇ3DÖÇ4DÖÇ5DÖÇ6DÖÇ7DÖÇ8DÖÇ9DÖÇ10DÖÇ11DÖÇ12DÖÇ13DÖÇ14DÖÇ15DÖÇ16DÖÇ17DÖÇ18DÖÇ19DÖÇ20
PÇ1
PÇ2
PÇ3
PÇ4
PÇ5
PÇ6
PÇ7
PÇ8
PÇ9
PÇ10
PÇ11
PÇ12
PÇ13
PÇ14
PÇ15
PÇ16
PÇ17
PÇ18
PÇ19
PÇ20